南京大学盐城环保技术与工程研究院由南京大学与盐城市人民政府于2010年8月4日签约成立，2011年7月正式投入运行。其宗旨是发展环保战略新兴产业，保障区域生态健康和饮用水安全，支撑淮河流域与江苏沿海社会经济的可持续发展。2017年2月10日，江苏省产业技术研究院水环境工程技术研究所（盐城）（依托法人单位：南京大学盐城环保技术与工程研究院和江苏南大华兴环保科技股份公司）从十二家预备研究所中脱颖而出，成为江苏省产业研究院第三批5家正式研究所之一，也是目前苏北唯一一家正式所。为满足事业发展要求，2017年上半年面向全国诚聘英才。