2001年12月，南京大学实施了总投资为5000万元的国家“十五”科技攻关重点项目“国家遗传工程小鼠资源库的建立”，并相应成立了南京大学模式动物研究所。 研究所以功能基因组学和实验动物学为基本研究对象，结合小鼠、果蝇、斑马鱼等模式动物，在分子生物学，细胞生物学和整体动物等不同层次上研究基因功能，基因调控及疾病发生过程的生物学机制。 研究所的宗旨是以小鼠遗传学研究作为首要课题，研究基因调控及在机体疾病发生过程中的作用。